Atualmente é absolutamente impossível você não usar um organizador de referências! Existem vários que são gratuitos, e eu atualmente aconselho edit: aconselhava o Mendeley. O Mendeley foi recentemente comprado pela Elsevier, que é uma das maiores editoras científicas do mundo. Eles fizeram uma série de alterações no Mendeley, particularmente dificultando a portabilidade (veja esse artigo para saber maiores detalhes sobre esta questão). Em geral eles são bastante portáveis, i.e., caso você não goste do Mendeley, você poderá mudar para o Zotero, Papers (descontinuado), Paperpile, etc. Além de terem dificultado a portabilidade, até o momento (Fev de 2019) o Mendeley não possui um plugin para o Google Docs, e muitos dos textos que tenho escrito são colaborativos, e o google docs tem sido a ferramenta preferida nestes casos (Eles também não tem plugins para Rmd). Aparentemente o Zotero tem estes plugins (para Rmd e para Google docs - Papers, wizdom.ai tem plugins para Google docs também) e irei testá-lo em breve (depois posto minhas impressões aqui). Mas os grupos de discussões e outras funções do Mendeley provavelmente ainda me farão manter o Mendeley instalado (O Zotero também tem estes grupos… mas me parecem menos ativos - não que os do Mendeley sejam lá essas coisas).